Mohly by geneticky modifikované rostliny vyvést eko-systém z rovnováhy?

Geneticky modifikované rostliny (většina z nich jsou v současnosti plodiny) jsou vytvořené tak, aby se lišily od svých tradičních protějšků přítomností jednoho souboru genů kódujících proteiny, které jsou odpovědné za určitý rys (např. odolnost proti hmyzu nebo snášenlivost herbicidů) a jeho správnou regulaci. Pokud nový rys nedává rostlině vysokou selektivní výhodu (pro její přežití a/nebo rozšíření), je transgenní rostlina považována za nepravděpodobný zdroj nepříznivého efektu pro životní prostředí. Tabák bez obsahu nikotinu by pravděpodobně spadal do této kategorie.

Oproti tomu je věnován důkladný zájem u jakékoliv nového rostlinného druhu, který je zaváděn do nového prostředí, ať už je produktem genetického inženýrství nebo klasického šlechtění. Pokud zlepšuje adaptabilitu na podmínky prostředí (odolnost proti suchu, například), přenos odolnosti na volně rostoucí rostliny by mohl mít za následek vznik nových invazivních plevelů. Účelové uvolnění organismů do nového prostředí je předmětem postupů přísné autorizace včetně obsáhlého a patřičného hodnocení rizika a požadované praktiky zvládání rizik (mezi jinými monitoring).