Transgenní plodiny s genem Bt povedou ke vzniku rezistentních škůdců, protože toxin je v nich přítomen stále a škůdce "si zvykne"

Právě neustálá přítomnost toxinu je výhodná. Běžné zásahy (postřik, parasitoidy) musí být přesně načasovány, a pokud se to nestihne (třeba kvůli počasí), zásah je neúčinný, nebo jen částečně účinný, a to vede ke vzniku rezistence. Škůdce si nemůže "zvyknout", protože toxin z Bacillus thuringiensis není kontaktní jako některé insekticidy, ale působí v zažívací trubici. Proto škůdce s toxinem přijde do styku "až když si kousne", až se rostlinná tkáň dostane do jeho zažívací trubice, tedy až hmyz začne škodit - a tehdy musí zahynout. Mohou se ovšem spontánně vyskytnout necitlivé mutace škůdce (na jejich vznik však přítomnost toxinu nemá vliv), a proto se provádějí opatření, aby se takový mutant nemohl rozmnožit.